O desenvolvimento desse importante míssil anti-navio começou em 1968, sob responsabilidade da McDonnell Douglas Astronautics (hoje pertencente à Boeing), e três anos mais tarde já se convertera em um sistema de armas comum à US Navy e à US Air Force, podendo ser lançado a partir de aeronaves, navios ou submarinos. Na fase de testes 40 protótipos foram disparados sem maiores problemas e a partir de 1978 já estava operacional. Desenhado para afundar navios em ambiente de mar aberto, o míssil Harpoon, juntamente com o míssil Penguin, são os únicos sistemas usados atualmente pelos Estados Unidos para a guerra anti-superfície. Identificado o alvo, seus dados são enviados antes do lançamento para a plataforma inercial do Harpoon, que o orientará mesmo se disparado num ângulo de 90º em relação ao objetivo. Uma vez lançado, o Harpoon voará a baixa altitude, rente ao nível do mar, graças a seu radar-altímetro que permitirá manter essa trajetória. Aproximando-se do alvo, o rastreador do radar ativo de sua cabeça de busca fixa-se nele e comanda uma repentina subida seguida de um mergulho sobre o navio, que dificimente terá tempo de reagir. O lançamento a partir de submarinos é feito através dos tubos de torpedos, com o Harpoon dentro de uma cápsula que o protege até que atinja a superfície, quando ela se abre e a propulsão do míssil então é ativada. O disparo a partir de aeronaves não requer maiores preparações, possibilitando utilizá-lo de grandes altitudes para vôos de longo alcance.

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O sistema de guiagem do Harpoon é composto de um radar ativo de busca, um radar-altímetro, antenas e um computador digital. A ogiva com 227 kg de explosivo DESTEX, acondicionada em uma estrutura de aço, possui uma espoleta de retardo/proximidade, desenhada para evitar sua detonação quando em estoque. Sua propulsão é feita por um motor a jato, alimentado por combustível JP-10, sendo que as últimas versões utilizam ainda uma seção (booster) com um foguete de combustível sólido, para fornecer empuxo extra no lançamento, que em seguida se separa do míssil. O controle de vôo consiste de quatro atuadores eletromecânicos que recebem informações do sistema de guiagem para através das quatro aletas móveis orientar a trajetória do míssil. Inúmeras melhorias vêm sendo aplicadas no Harpoon ao longo do tempo, atualizando-o para a moderna guerra de superfície permitindo seus uso pelos americanos e seus aliados pelo menos até 2020. A versão D é um míssil "qualquer tempo", com alcance além do horizonte, cujos sistema de guiagem asseguram grande efetividade. O Harpoon Block II foi desenvolvido para aumentar sua capacidade de ataque a alvos em um ambiente congestionado próximo a costa. Seus sistemas incorporam um GPS e uma plataforma de navegação inercial (INS) que lhe permitem uma acurada capacidade de guiagem de longo alcance, útil para defesa costeira, litorânea (plataforma continental) ou em mar aberto ("águas azuis"). O Block II pode perfeitamente distinguir massa de terra do contorno da costa de seu alvo, que pode ser desde um navio patrulha, uma bateria de mísseis em terra ou um navio ancorado no porto. Há estudos para adaptá-lo a sistemas de lançamento vertical (VLS) para belonaves da US Navy ou baterias montadas em caminhões para defesa costeira. O Chile recentemente anunciou a compra de um lote de 20 mísseis Harpoon Block II, para equipar as fragatas classe L e M adquiridas na Holanda.