O Exército Chileno é um dos mais bem equipados de todos os da América Latina, também em operações especiais. Em 11 de outubro de 2006, o Exército incorporou uma unidade de elite em seu organograma: a Brigada de Operações Especiais "Lautaro" (BOE), que está sediada na guarnição de Peldehue, ao norte da cidade de Santiago, um quartel que anteriormente abrigava o extinto Regimento de Infantaria nº 22 "Lautaro" (1879-2006). A BOE carrega o legado da Unidade Antiterrorista de Comandos Cobra (UAT Cobra), criada em 1980 e que foi integrada a esta brigada após sua fundação. A BOE está sob o comando de um brigadeiro-general e adquiriu grande prestígio, sendo convidada para exercícios conjuntos com outras forças de operações especiais, na Europa ou nos Estados Unidos, como o Estrella Austral 2023 ou o Pacific Dagger 2024. Seu efetivo nunca foi revelado, mas como seu próprio nome indica, tem as dimensões de uma brigada, com a particularidade de ter unidades muito variadas dentro dela para desenvolver todos os tipos de missões: contraterrorismo, guerra especial, combate subaquático, tiro de precisão, paraquedismo, entre outras. Seus membros recebem seu treinamento na Escola de Paraquedistas e Forças Especiais, fundada em 1965 e que hoje faz parte da estrutura da Brigada. É lá que os futuros comandos devem ganhar o item que distingue esta unidade de elite: a boina preta, à qual esses soldados operacionais devem o apelido pelo qual são conhecidos: os "Boinas Negras". A BOE tem em sua estrutura o Batalhão de Paraquedistas nº 1 "Pelantaru", criado em 1965 e que é uma força combinada de paraquedistas e comandos. Além disso, a brigada tem três Grupos de Comandos (AGRUCOM): nº 5 "Lientur" (com sede em Punta Arenas), nº 6 "Leucotón" (com sede em Iquique) e nº 12 "Galvarino" (com sede em Peldehue). Outra de suas unidades é o Grupo de Forças Especiais (AFE), uma unidade de elite cujas especialidades são semelhantes às das Forças Especiais do Exército dos EUA e que tem três Companhias: uma aerotransportada, uma anfíbia e uma de montanha. Como suas contrapartes americanas, o AFE opera em pequenas frações capazes de se infiltrar em território hostil e especializadas em lidar com forças irregulares. A BOE conta também com um Grupo Especial de Montanha (AGREM), que reúne operadores que têm a especialidade Caçador Andino, o que os torna a força de elite do Exército Chileno para operações em alta montanha, fundamental já que o país está à sombra da Cordilheira dos Andes praticamente em toda a sua extensão, de norte a sul. Por fim, conta com unidades de Inteligência, Telecomunicações, Logística e Polícia Militar.

A Escola de Paraquedistas e Forças Especiais (Escpar e Fes) é responsável pelo treinamento e formação de uma nova geração de comandos preparados para realizar operações especiais em qualquer condição atmosférica e cenário geográfico. Segundo a instituição, os alunos selecionados passam por testes rigorosos antes de participar do Curso de Comandos e, assim, manter o alto padrão exigido de todos os seus futuros membros. Com duração de 22 semanas, incluiu sete módulos e exercícios nos quais os alunos testarão sua coragem e resistência em cenários como terrenos nevados, florestas, litoral, deserto e terras altas do norte do Chile. No módulo avançado, os participantes são treinados no manuseio de meios de inserção anfíbios, aéreos e em terrenos montanhosos. Depois, no módulo final, eles enfrentam situações simuladas em diferentes cenários geográficos do país, colocando em prática tudo o que aprenderam. O Programa de Fortalecimento das Habilidades de Comando também é realizado para formar o núcleo atitudinal, já que esses especialistas devem ser caracterizados por sua fortaleza, temperança, auto-sacrifício e espírito de corpo. Os Comandos do Exército do Chile são especialistas em diversas táticas e técnicas avançadas de combate e podem operar dia e noite em todos os tipos de terrenos e ambientes sob condições climáticas adversas. A origem da especialidade remonta a 1962, quando o primeiro Curso de Comandos foi realizado no país na Escola de Infantaria, com a assistência de pessoal dos Rangers do US Army. Atualmente, os operadores do BOE utilizam como arma principal o fuzil de assalto Colt M-4, sendo equipado ainda com fuzis suíços SIG SG-540 e israelenses IWI Galil ACE, todos de calibre 5.56 mm. Sua arma secundária é a pistola Beretta PX4 Storm calibre 9 mm Parabellum. Conta com submetralhadoras Heckler & Koch MP-5 e FAMAE SAF, ambas de 9 mm, e fuzis de precisão Brügger & Thomet APR 338, PGM 338 e Barrett M-82. O transporte fica a cargo de veículos táticos Humvees M1165 e M1097A2 em configuração de operações especiais, equipados com snorkel para vadeamento de riachos ou áreas alagadas e metralhadoras pesadas Browning M-2 de 12.7 mm, lançadores de granadas Mk-19, metralhadoras leves FN Minimi de 5.56 mm e armas antitanque AT-4. Seu treinamento e equipamentos permitem que eles executem operações conjuntas e combinadas usando elementos convencionais ou improvisados. Em sua preparação, atenção especial é dada ao manuseio de explosivos, armamento avançado e sobrevivência para que possam ser implantados em qualquer área geográfica e atuar nos cenários mais desafiadores exigidos pela guerra moderna.